1998年的钟声敲响，新的轮回时间出现，所有人都在走向未知的命运。千钧和文良一起到警视厅递交警方特别协助人员的去年总结。高木警官帮着二人处理完那些手续后，笑道，“我今天跟你们介绍个新同事，是我的搭档，千叶警官！”胖胖的千叶警官上前，“你们好！我早就听高木说过，你们曾经多次帮助我们警方破案。”千钧和文良一起回礼，千钧暗道，千叶警官也终于来了，目暮的班底人马都到齐了。
不在场证明，暗号，作案手法，教义，一个充满神秘的黑暗组织，也再次伸出了魔手。柯南跟随毛利和小兰来四菱银行办事，毛利小五郎想要把去年的帐清一下。柯南拿着一本推理书坐在椅子上，猛然抬头看见银行的办事员，竟然是失踪许久的广田雅美。雅美低头看了看手表，似乎有些焦急。柯南疑惑，她怎么到这里来了？随后，柯南用耳环手机通知了千钧，“我找到了广田雅美了，她就在四菱银行上班……”千钧激动万分，“好，她终于出现了，真是的，我马上过去。”千钧对雅美一直有一种亲近感，雅美出狱后不辞而别，让他非常难受。现在，突然有了消息，千钧的心情可想而知。
这时，小兰从后面走过来，“让你久等了，柯南。”柯南问侦探费都存进去了吗？小五郎摇着存折哈哈大笑，“而且还汇入一大笔哦！汇款的数量多得把存折都打满了，哈哈……”柯南惊叹，“太好了！那我们找个地方吃完午饭再回去吧。”小五郎点头，“好吧，我已经好久没有在中午好好大喝一顿了！”小兰立即给兴奋状态的毛利泼了冷水，叉腰怒吼，“我们现在谈得是午饭！”毛利不屑摇头，“我现在得去换一张新的存折了。”柯南汗，“真是受不了这个酒鬼！”
毛利看到戴眼镜的广田雅美，大喜过望，“美人！这位小姐，要麻烦你一下，请你帮我把这本存折，另外换一本新的。”雅美被吓了一跳，这才发现毛利早就不记得自己了，其实也难怪，上次的事情都过去n个月了，小五郎又神经大条，雅美当时委托案件时也是化妆，所以没有认出来。雅美担心被识破，“这位先生，实在抱歉，请你到那里取一张号码牌后，轮到你的号码，再来办理吧。”小五郎有些尴尬，“看来要排队才能办理啊！小姐，请你等我一下，我会马上回来。”说完，小五郎匆忙跑去取号码牌。
雅美低头看表，柯南走过来，“雅美姐姐，你怎么了？”雅美吃了一惊，“原来是柯南啊！”柯南问她为什么从一开始就一直看手表，雅美笑道，“因为现在业务有点忙碌，我想知道还要多久才到中午。”说完雅美站起来，跟柯南说再见，匆忙离去了。柯南疑惑，小兰低声问，“她是谁啊？怎么看起来有些眼熟？柯南，你认识她？”柯南点头，“她是广田雅美小姐，千钧哥哥的红颜知己，小兰姐姐，你忘了吗？我刚才问了其他人员，雅美小姐是最近不久才到这家银行工作的。她平常待人很亲切的。”
小兰想起来了，“原来是她，我记得她曾经委托爸爸找人，那件案子结束入狱6个月后被释放了。”旁边传来小五郎的惊叫声，“不见了！那位美丽的小姐怎么不在了？怎么会这样？”看着小五郎的色狼丑态，柯南和小兰觉得非常尴尬，色字当头居然连自己的委托人都忘记了。小五郎还要排队办手续，柯南随口说要去外面活动一下。小兰叮嘱他在外面要小心车子，柯南答应一声，抱着滑板离去。
柯南走到四菱银行停车场，听到里面传来奇怪声音，紧接着传来一声枪响和玻璃破碎的声音，柯南大惊，急忙跑过去，躲在一辆汽车后观察。原来是有抢匪来抢劫银行的运钞车。歹徒有2人，其中一人手持散弹枪，另外一人好像是手枪，正威胁着运钞人员搬运钞票。另外负责保护运钞车的警务人员倒在地上，不知死活。柯南离得太远，有些地方看不清楚。
柯南拿出侦探徽章，低声呼叫千钧，“快点，这里发生抢劫案了！”千钧正在开车来的路上，文良就坐在旁边。千钧苦笑，“可恶，现在的罪犯都疯了，怎么动不动就去抢银行！”文良急道，“你快点开，我们过去将他们抓住，又是一件大功！”
柯南刚刚放下徽章，身后传来小兰的声音，“柯南，你在这里干什么？”柯南大惊，发现毛利父女站在自己身后，抢匪也听到了声音，脸色大变。毛利以为柯南在恶作剧，“好了，我们回去了。”这时，抢匪突然上车开车逃跑，那名岸井警卫大声呼救，“快帮忙啊，强盗啊！”那辆车飞速驶过，小五郎急忙拉住小兰躲开，“八嘎，这辆车搞什么？”柯南大吼，“他们是抢运钞车的抢匪！小兰姐姐，你快去打电话报警！好像还有人受伤了，快去叫救护车。”说完话，柯南放下滑板追了出去，小兰阻止不及。
毛利立即吩咐小兰通知银行的人，他去看那两个受伤的警卫。抢匪的车飞速奔驰，柯南急追，“可恶，这什么速度啊！我根本追不上，能跟着已经是全力了。千钧，怎么还没有到啊！”千钧很不幸，车被堵在路上了，他和文良气得大吼大叫。随后，抢匪的车不顾火车即将驶来，强行通过平交道，柯南紧跟其后，飞跃环状线，结果失败跌落在地，“可恶，被他们逃掉了。”
目暮警官、高木警官、千叶警官带队很快赶到了被抢现场，警察们开始调查取证。千钧和文良也在平交道附近追上了柯南，可惜，已经失去了抢匪的踪迹。三人无奈，先回银行去跟目暮他们会合。这次被抢的金额高达十亿，是从总行那里要分给分行的钱，全部被抢光了。柯南将抢匪的车号告诉了高木警官，高木马上通知交通课的宫本由美等人立即开始排查。目暮发愁，“抢匪是两名手持枪械的蒙面歹徒啊！”
千钧去银行里打听广田雅美的事情，同事们说她离开后就没有回来。千钧只好悻悻出来，听取千叶警官的调查情况。那两名受伤的警卫分别叫做小山和村田，都没有什么大碍。岸井警卫描述了整个过程，运钞车到了的时候，他们打算按照计划将现金搬下来，一声枪响，打碎了防弹玻璃。岸井大惊失色，呼救外面的小山和村田，可惜没有回应。岸井被歹徒用枪指着，他以为外面的人都遇害了，只好将门打开。
柯南却有些疑惑，他记得当时听到枪声后，他马上就跑了过去，可是当时歹徒已经在搬运钞票了，岸井应该没有时间呼叫驾驶员和其他警卫才对。岸井向千叶告白，“警官先生，你应该能理解我吧，我当时也是出于无奈啊！”柯南突然插话，声称岸井叔叔的运气不是一般的好，千钧问他为什么这么说，柯南冷笑，“运钞车装的都是没办法看到里面的黑色雾玻璃，歹徒在看不到里面的状况下开枪，不但没有打到这位叔叔，还刚好打进装零钱的袋子里面，让子弹不会到处乱弹。不是岸井叔叔的运气太好，就是他们事先已经知道那个袋子放在什么位置。”
岸井听完头上都是汗，千钧点头，“这家伙的确可疑。”文良也认为没错，岸井辩解，“你们在胡说什么？真的不关我的事情。”这个推理，只是一个可能，千叶也没往心里去。这时候，千钧突然看见广田雅美回来了，也没有心情陪千叶调查案子了。银行支店长见到雅美非常生气，“这么重要的时刻，你到底上哪里了？”
雅美低头道歉，说自己换班出去吃午饭了。支店长抱怨，“现在的年轻女孩还真是的，你看看现在是几点钟了？难道说你的手表坏了吗？”千钧进去劝解，支店长认识千钧，立即陪起笑脸。千钧应付几句，将雅美带出来，“放心好了，大不了不在这里干了，回头我给你介绍个更好的工作。”柯南想起雅美的前科，觉得还有一种可能。
高木警官匆匆进来报告，交通课已经找到了疑似抢匪的车辆，车子被扔在地奋河的河岸上，也就是tr线的铁桥旁边。目暮邀请大家一起过去看看，千钧有很多话想单独跟雅美说，雅美见他有事，“你先去忙吧，正好我也有些事情去处理。”千钧有些不放心，雅美笑着将自己的住址告诉了千钧，“你可以随时去找我，我这次不会不辞而别的。”千钧这才释然，跟着大家一起前往车辆现场。
小兰打算带柯南回去，发现柯南又跑掉不见了，气得叉腰大骂柯南。柯南跟着千钧、文良他们也到了现场。现场的车辆上没有找到任何指纹，车上有铝合金的空箱子五个，明显是用来装钱的，上面也没有指纹。另外，歹徒还留下2件关键的证物，是用过的面罩和手套，但是这些东西没办法检验指纹。柯南从千钧身后跑过来，从鉴识手里夺过物证观看，小五郎火大，“我不是先让你跟小兰回家了吗？”
柯南弱弱说，“先不说这个，叔叔，你看面罩上好像沾了东西。”大家都是一愣，发现面罩下方的确沾了粉红色的印记，千钧疑惑，“这个好像是嘴唇上的口红。”柯南有些想不通，从袋子里取出面罩翻看，证实了自己的怀疑，但立即被小五郎痛扁，“痛什么痛啊，这么重要的证物你拿去干什么？你今天有完没完？千钧，你把这个小鬼看好了，真是的！”柯南被直接扔了出去，千钧急忙将其接住，问柯南发现了什么。
之后，这件案子开始以单纯的抢劫案开始调查。但柯南觉得这件案子绝不是单纯的抢劫案。柯南虽然说出了自己有不好的预感，但千钧有些心不在焉。他在忙着广田雅美的事情，显然雅美的工作保不住了，他跟雅美和好后，就帮着雅美找新的工作。但雅美也总是心事重重，总是想办法将千钧刻意支开。千钧几次询问，都被她挡了回去。千钧见她心情郁郁，也不敢逼得太紧。
某个雨夜，从温泉洗浴归来的岸井警卫，看见后面开过一辆黑色的保时捷。车窗打开了，里面露出伏特加邪恶的笑容，以及黑洞洞的枪口。岸井脸色大变，几声枪响，岸井倒地身亡。车子飞速开走了。当夜，另外一名抢匪贝冢司郎也在家里被杀，凶手留下一支口红。警方不久后就发现，抢匪都被杀死了。那个名叫贝冢司郎的抢匪，原本是个赛车手，所以开车那么快，柯南那天怎么也追不上。
警方从贝冢司郎家里搜出了银行的草图，以及运钞车的时间表，还有就是笔记本上的逃亡路线图。所有的抢匪都是被一把枪所杀，另外一个被杀的人就是岸井。警方由此推断岸井就是抢匪的内应。岸井平时好赌，欠了一大笔债，那天他是专门负责为抢匪打开运钞车车库的。因为运钞车的门，是不能从外面打开的。目暮认为，他们是被另外的歹徒杀死的，毛利认为有这种可能，但关键是那些钱现在还没有找到，那个人很可能想要独吞，所以将其他人都杀死灭口。目暮警官听取了大家的意见，正在向着这个方向调查。小五郎很是自信，“抓到这个歹徒只是时间的问题。”